Dalam upaya mewujudkan visi tersebut, Fakultas Pertanian Universitas Islam Jember menetapkan misi sebagai berikut :

1. Menyelenggarakan dan mengembangkan pendidikan akademik yang berkualitas, berbasis Islam Ahlussunah wal Jamaah An-Nahdliyah guna pengembangan IPTEKS dan lulusan menjadi interprener;
2. Melaksanakan dan mengembangkan kegiatan penelitian di sektor pertanian yang bermanfaat bagi masyarakat;
3. Melaksanakan dan mengembangkan kegiatan pengabdian kepada masyarakat secara terpadu dan berkelanjutan;
4. Melaksanakan dan mengembangkan dakwah Islam Aswaja An-Nahdliyah sesuai bidang ilmu;
5. Merintis dan mengembangkan jaringan kerjasama sektor pertanian dengan berbagai fihak dalam rangka mengembangkan IPTEKS yang bermanfaat bagi masyarakat;
6. Terciptanya tata kelola manajemen dan organisasi yang  kredibel, akuntabel, transparan, tanggung jawab dan adil